La chiesa, oggi incastrata nell'ammasso di case, è quasi nascosta in una delle vie laterali di via del Duomo, Vicolo dei Ferri, e sfugge all'idea di essere stata un polo di emergenza architettonica. Una chiave di lettura della funzione della chiesa può essere data dal significato degli affreschi.Infatti, nella parte inferiore della parete sinistra è venuta alla luce una pregevole affresco: due bellissimi cavalieri a cavallo ed altri frammenti di un secondo cavallo, orientati dall'abside verso l'uscita, a raffigurare quindi l'avvio dei cavalieri verso la crociata, tesi avvalorata dalla figurazione degli scudi, dove i simboli possono essere stati quelli delle famiglie di appartenenza dei crociati. Seppur valida quest'ipotesi, la grande raffinatezza di questo affresco potrebbe derivare dall'imitazione di qualche arazzo di origine francese. L'affresco può essere datato alla prima metà del Duecento. Esso è tra i più rari nelle chiese italiane medioevali e può essere inserito in una raffinata cultura del Basso Medio Evo europeo e fa della chiesa di S. Stefano un notevole centro di cultura dell'epoca. La Chiesa è altresì ricca di tracce di notevoli affreschi.Nell'abside, dopo le distruzioni belliche è scomparsa la parte superiore dell'affresco, raffigurante la Vergine seduta in trono: il manto è di un bel colore plumbeo. Del santo alla sua destra è rimasta buona parte del corpo: di particolare bellezza il rosso (quasi colore dell'encausto) della toga. Del santo, o dell'angelo a sinistra della Vergine è ben visibile il piede sinistro. Guardando l'abside, sulla parete destra della chiesa, vi doveva essere un immenso affresco a giudicare dal frammento rimasto: un piede di S. Giovanni Evangelista; sotto è chiaramente visibile l'iscrizione, in fine colore rosa, del nome del santo.